De Hervormde Gemeente Vlissingen besloot in de jaren ’60 om het Van Dam-orgel uit 1916 te vervangen en liet een nieuw orgel bouwen door Flentrop. Het Van Dam orgel was door de oorlog en door vocht- en zoutinwerking na de stormvloed van 1953 in slechte staat geraakt. De bouw van het nieuwe drieklaviers Flentrop-orgel werd mede mogelijk gemaakt door een royale gift vanuit het Rampenfonds. Bij de bouw van het nieuwe orgel heeft men het (kleine) Marcussen-orgel uit 1940 van de Grundvigskirke in Kopenhagen als voorbeeld genomen (gebouwd naar ontwerp van K. Klint). 

In de periode 1999/2000 werd het orgel door Flentrop helemaal gereinigd, het pijpwerk opnieuw geïntoneerd en de kas in rode kleurstelling geschilderd zodat het instrument nu een geheel vormt met het nieuwe kerkinterieur. Het blinderingssnijwerk rondom de frontpijpen werd vervangen. Ook verdween de Baarpijp 8′ op het Rugwerk en verscheen hiervoor in de plaats een Dulciaan 8′. 

Foto: Stefan Braun